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想做蛋白质组学,不知道该怎么收集样本?

科研谷2020-07-10 12:05:32


合格的样本是我们完成实验的首要条件,那么我们在取样时需要需要遵循什么原则以及我们要注意哪些问题?

一、一致性和代表性

实验组和对照组取样的部位,时间以及处理的过程尽量的保持一致,否则造成的误差可能会较大,对实验的结果造成影响。

二、迅速性

样本质量是实验中影响实验结果的最关键因素,因此用于研究的样本,在采集、制备、贮存、贝博app体育过程中应尽可能地做到迅速,最大限度的缩短从样本采集到实验的时间。

三、贝博网站多少保存

由于样本中含有各种蛋白酶以及环境的改变,所取的样本在离体或者是处理之后要放在-80℃的冰箱或者液氮中进行保存。在实验的过程中也最好让样本尽量在4℃的贝博网站多少环境下,最大限度的减少样本的降解。

四、标记包装完整

样本无论是放在试管还是锡箔纸中,请做好标记,用马克笔标记好样本名称,时间,重量或者体积等。如有条件最好做双重标记,这样会比较好。

五、寄送

如果样本要寄送外地,根据路程,计算好时间,最好按照每天5公斤的量准备,防止样本在路上耽搁造成降解,寄送的时间最好不要选择节假日或者双11等购物高峰时期,这段时间的物流会比较慢。

样本的准备和采集要求

以下样品的送样量是常规定性定量(iTRAQ/TMT、Label free、DIA)蛋白质谱项目单个样本的检测要求,做翻译后修饰的项目需要进行富集,起始量较大,建议蛋白总量达到5-20mg,请提前联系技术支持,根据实际情况设计实验并准备样品用量。保存以及预处理方法并不绝对,仅供参考。

样本分类

具体类型

送样量(/个样本)

保存以及预处理

组织样本

常规组织

>200mg

每个样本的取材部位要尽量一致,取新鲜组织,用无尘吸水纸快速吸净表面血液,洁净的剪刀剪切成100mg左右小块,将组织块放在液氮中速冻,然后转移至-80℃的冰箱冻存。

软骨组织

>400mg

每个样本的取材部位要尽量一致,取新鲜组织,用无尘吸水纸快速吸净表面液体,洁净的剪刀剪切成100mg左右小块,将组织块放在液氮中速冻,然后转移至-80℃的冰箱。

硬骨组织

>500mg

每个样本的取材部位要尽量一致,取新鲜组织,表面附着肌肉血管去除干净,用无尘吸水纸快速吸净表面液体,洁净的剪刀剪切成100mg左右小块,将组织块放在液氮中速冻,然后转移至-80℃的冰箱冻存。

细胞样本

贴壁细胞

107

在直径10cm的培养皿中培养细胞至70-90%,去掉培养基,每个培养皿用PBS清洗3遍,将细胞用细胞刮刮下,转移至1.5ml的进口试管中,做好标记。然后转移至-80℃的冰箱。

悬浮细胞

107

悬浮细胞培养至细胞浓度为2-5×10/ml,1000g离心5分钟收集细胞至15ml离心管中,弃上清后,用10ml PBS溶液洗三遍。PBS重悬细胞,转移至1.5ml试管,1000g离心5min,去除上清,保证细胞沉淀体积在50ul以上。然后转移至-80℃的冰箱。

液体样本

血清

>200uL

收集全血至真空采血管(如BD vacutainer公司的红头真空采血管)。血清管应被轻轻地180度上下颠倒混匀,持续5-6次。在4℃条件下放置30min,1000g,4℃离心5min,用移液器将上层血清吸入进口的1.5ml试管保存。转移至-80℃的冰箱冻存。

血浆

>200uL

采集全血,建议使用BD EDTA血常规管(含抗凝剂),有条件的话首选BD Vacutainer® 蛋白质组学产品BDTM P100组件或BDTM P800采血管(含抗凝剂和蛋白酶抑制剂)。轻轻地180度上下颠倒混匀,持续8-10次,以混匀血液和添加剂。1000g,4℃离心10min,是血浆与血细胞分离,用移液器将上层血浆吸入进口的1.5ml试管保存。转移至-80℃的冰箱冻存。

尿液

10mL

新鲜尿液(最好是晨尿),10000g, 4℃离心10 min, 用移液器取上清转移至进口的离心管,转移至-80℃的冰箱冻存。

乳汁

5mL

收集乳汁,用进口品牌离心管分装,-80℃冰箱保存。

唾液

>300uL

禁食两小时以上,9-12 am取样,1000g-2000g离心5min,(或使用0.22um滤膜过滤),取上清,用进口品牌离心管分装, -80℃保存。

细胞上清

50mL

细胞在合适的培养基中培养至覆盖培养皿70-90%面积。去掉培养基后,用无血清培养基清洗三遍。加入无血清培养基,生长一定时间后,收集无血清培养上清于进口离心管中。

1000rpm离心10min去掉细胞,取上清,再 12000rpm左右高速离心去掉细胞碎片和沉淀,取上清,-80℃冻存。

宏样本

粪便

>2g

粪便排泄到干净的容器中,尽量避免尿液、马桶壁等对粪便样本的污染。粪便要采集新鲜的,建议采集排泄中后部的粪便,并尽量挖取中部内侧的粪便作为样本。用无菌勺对新鲜的粪便进行挖取,将粪便样本放入无菌保存管中。采集好的样本立刻放入-80℃冰箱进行贝博网站多少保存。

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