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微生物16S测序解决方案—样品提取篇

GENEWIZ金唯智2020-09-07 15:28:18

通过对16S/18S/ITS 等微生物物种特征序列的扩增及高通量测序,结合专业的生物信息分析,可以快速准确地鉴定样品中微生物( 细菌/ 真菌/古菌/藻类等 )的物种组成和多样性情况,并同时获得群落进化关系、物种结构、群落功能等多种生物信息,该方法广泛应用于微生物种群的多样性研究。

金唯智采用特有的MetaVX® 16S rDNA扩增系统,结合标准化的样品收集,核酸提取和生物分析流程,可以最大程度展现样品中微生物种群的多样性,是一种高效、准确、快捷的微生物分析解决方案。

关于样品提取


但是,无论是什么样的解决方案,都是建立在样品提取的基础上。如果样品提取不合格,那么再完美的解决方案也无法解决科研问题。因此,样本提取是关键中的关键。对于五大样品类型,该如何有效提取才能保证实验结果的准确性呢?

样品制备之粪便样品篇

收集样本:一般对于人的粪便,要求用无菌粪便收集器或其他灭菌器皿收集粪便样本,要注意即刻进行样本标记并贝博网站多少保存;对于小鼠粪便,分别收取采样小鼠的粪便,立即进行收取,尽量不要暴露在空气中太长时间,避免污染和降解。

分装保存:由于有些样本取样不易,因此我们建议一次收集后分装保存,对于人的粪便,我们建议使用无菌牙签挑取内部样本,尽量排除空气污染及防止样本降解,使用灭菌离心管分别称取0.2 g左右的样本,每个样本分装10管左右备用,标记好后即刻放入-80℃保存。当然由于小鼠个体较小,可能粪便样本不足0.2 g时,我们可以适当将多个生物学重复样本进行混合,进行保存。

建议:使用GENEWIZ提供的粪便收集器;并且若遇上收集困难或者十分珍贵的样本,请老师注意备份,避免再次收集耗费更大的人力物力,并且无法保证实验条件完全一致,导致后续分析无法达到预期。

DNA提取:建议使用QIAGEN 或GENEWIZ粪便提取试剂盒。

注意事项:粪便样本提取时注意胆汁酸盐、复杂多糖等杂质的去除。

样品制备之土壤篇

样本收集:取样区域一般是根据实验设计进行选择,建议选取具有代表性的土壤;采样时使用的所有工具、采集袋或其他物品均要使用已灭菌的;若野外没有合适的条件进行灭菌处理,可以使用采集的土壤对取样工具进行擦拭,尽量去除干扰;采集时一般选取 5-10 cm处土壤,去除杂质,将一定量的土壤进行分装标记,每袋样品约5 g,密封后立即-20℃保存。

建议:土壤取样时时常会碰到杂质含量较高,取样时需要对杂质进行过滤,避免石块等杂质戳破采集袋等情况的发生,也会给后续提取造成干扰。

提取:建议使用QIAGEN 或GENEWIZ土壤试剂盒。

注意事项:土壤样本提取时含有大量的腐殖酸、重金属等杂质需处理。

样本制备之水体环境篇

样本收集:根据实验设计确定取样的深度和范围,由于水体样本的特殊性,取样体积需大于2 L,取样工具需灭菌处理,采样后进行滤膜过滤,选择合适孔径的滤膜。对于澄清水体或者略浑浊水体,选用0.22 μm或者0.45 μm的滤膜;对于浑浊水体,建议先用大孔径的滤膜过滤一遍,再用小孔径的滤膜过滤;水体泥样的采集提供大于2 g样本。

建议:由于水体样本的特殊性,样本直接保存困难,因此建议一次取样足够,一般提取一次需要1-2张滤膜,分装保存足够量的滤膜,便于后续实验的使用。

DNA提取:建议使用QIAGEN 或GENEWIZ土壤试剂盒。

注意事项:取样与提取时,注意样品的交叉污染。

样本制备之肠道内容物篇

样本收集:一般取样时实验对象已死亡(动物),需要使用无菌的解剖刀,尽量在无菌状态下取出整个肠道,将实验所需的肠段的内容物切下,将内容物取出放置在无菌离心管中,建议分装保存,便于后续实验需求,贝博网站多少保存贝博app体育;若是无法立即抽提,建议将样本先置于液氮中冷冻2-4小时以上,保证冷冻充分再转移到-80℃保存。

建议:由于肠道内容物来源不一,一般来说保存单个样本取样量如下:大型动物,如牛、羊500 mg-1000 mg/管;中型动物,如大鼠、家兔 200-1000 mg/管;小型动物,如小鼠 200-500 mg/管;对于肠道内容物较少动物,如鱼、 虾 ≥100 mg/管。为保证实验顺利进行,在采样允许的情况下,尽量多采集样品。

DNA提取:建议使用QIAGEN 或GENEWIZ粪便提取试剂盒。

注意事项:样本提取时注意胆汁酸盐、复杂多糖等杂质的去除及内容物的分离。

样本制备之发酵食品篇

样本收集:根据实验设计确定取样的样品,由于发酵食品的特殊性,取样体积需包装在无菌的密封容器内,取样工具需灭菌处理。酱油需大于100 mL。

建议:由于样本的特殊性,因此建议一次取样做好备份,一般提取一次需要100 mL左右,分装保存足够量,便于后续实验的使用。

DNA提取:建议使用QIAGEN 或GENEWIZ土壤试剂盒。

注意事项:酱油类发酵食品,需进行前处理,具体可咨询GENEWIZ实验室。

如果您还有其他疑问,可以发送邮件至NGS.Service@genewiz.com.cn或拨打电话400-8100-669 选项3进行咨询。

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