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低成本试剂NOPB助力粪便样品常温储存

MGI华大智造2020-06-01 06:24:45

导读


肠道微生物的疾病研究日益火爆,并取得了许多重大的成果。粪便样本作为研究载体,其稳定性及质量对实验结果尤为重要。贝博网站多少存储是现阶段粪便保存的常见方法,但因成本高、并且贝博app体育过程中样本质量不稳定性,导致许多实验无法提供“新鲜”样本。如何在室温贝博app体育和保存粪便样品,已经成为一个急需解决的问题。


目前市场上提供的粪便样品室温保存及贝博app体育解决方案鱼龙混杂,效果良莠不齐。OMNIgene•GUT OM-200虽然常温保存表现良好,但贝博app体育过程中样本质量仍难保证,且价格昂贵($20/样品);其它许多类似产品,效果仍缺乏系统可靠的实验验证,难以让使用者放心。近期,华大基因研究人员开发了一种新的粪便样品保存方法-“NOPB”,相关研究发表在宏基因组专业杂志Microbiome上。基于该新方法,华大智造已经推出MGIEasy粪便样品采集套装,价格便宜、使用方便、稳定性高,将为肠道微生物研究人员提供大力支持。


研究方法


 稳定剂

      该研究涉及两种稳定剂:国外Genotek公司的稳定剂OMNIgene·GUT OM-200以及BGI研发的the novel NOPB-based reagent 。


样品采集及保存

      

图1   样品保存及处理

本研究一共采取了8人的粪便样品,其中7人分成11等份,合计77份;第8人分成33等份。分别在没有稳定液、NOPB稳定剂、Genotek稳定剂的条件下进行保存3天、7天、11天。


样品提取

      本项研究使用与欧盟发起的MetaHIT(人类肠道宏基因组)项目相同的样品处理和DNA提取方法,为下游流程提供可靠的核酸样本。这是一种基于胍盐的核酸提取方法,基于这一原理的方法和试剂盒在宏基因组研究领域被普遍使用。


建库&测序

 该研究选取了10组共计100个样本使用Illumina HiSeq 4000测序仪进行测序;4组共计24个样本使用BGISEQ-500测序仪进行测序。


研究成果

在该研究中,研究人员对8位健康志愿者的10份粪便样品采用不同方法进行了最长14天的室温静置保存和耗时3天的常温普通快递贝博app体育,并对保存/贝博app体育后的样品和新鲜样品分别进行了DNA提取、鸟枪法宏基因组测序和基因丰度分析。

论文中报道的结果显示(图2、图3、图4),使用该新方法时,粪便样品在保存/贝博app体育后的测序分析结果相比新鲜样本没有变化。作为对照,不使用稳定剂保存的样品部分出现了严重偏离原始样本的情况,而被广泛使用的DNA Genotek公司生产的OMNIgene•GUT OM-200采样套装(含试剂)尽管在静置保存测试中表现良好,却在快递贝博app体育测试中出现了效果不佳、微生物构成发生变化的现象。


图2. 使用不同方法保存和贝博app体育的粪便样本的主坐标分析

对使用不同方法保存的粪便样本及新收样本在基因、物种和属的水平上进行主坐标分析,发现基于NOPB的方法(蓝色椭圆)与新鲜样本(黄色椭圆)最接近,而不使用任何稳定剂直接室温保存的部分样本(粉色椭圆)的微生物构成出现了明显变化(箭头所指处)。


图3.使用不同方法保存和贝博app体育的粪便样本与对应新鲜样本的对比

使用基于NOPB的新方法保存或贝博app体育的样品与对应新鲜样品在α多样性上没有差异,且与新鲜样品的差异很小。在3天和7天静置保存时,OM-200的效果与基于NOPB的新方法相当,但实际贝博app体育样品时其表现逊色于干冰贝博app体育和基于NOPB的新方法。


图4.使用华大新方法室温保存3至14天的粪便样品在BGISEQ测序平台上的表现

基于NOPB的新方法对BGISEQ测序平台完全兼容,且样本保存至14天时α多样性较新鲜样本没有变化、与新鲜样本的差异也未见显著上升。


NOPB亮点

l  NOPB让粪便样品摆脱对ballbet贝博官网下载物流的依赖,成本更低、灵活性更高。

l  相比于其他的同类产品,NOPB在实际贝博app体育粪便样品时没有失效的风险,并允许研究者对样本进行离心富集、清洗、合并等前处理,应用更广泛

l  NOPB方法适用范围广,可满足偏远地区采样、野外采样需求


MGIEasy粪便样品采集套装

基于该研究新方法,华大智造推出了价格便宜、使用方便、体验感极好的MGIEasy粪便样品采集套装,并将会在近期推出促销活动,敬请关注。



参考文献

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