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微生物群落多样性研究也可以变得如此简单

生物学霸2020-09-15 10:07:51

微生物群落多样性分析是以研究环境中微生物的种类和数量为目的,揭示随环境变化导致微生物群落结构变化的过程。


在国内,微生物多样性的研究涉及农业、土壤、林业、海洋、矿井、人体医学等诸多领域。


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什么是扩增子测序?


扩增子测序是研究微生物多样性的重要手段之一。虽比较基础,方法简单,但在微生物多样性的研究中仍占据一席之地。


优点:

  • 价格便宜,仅通过相对简单的测序手段即可获得较理想的结果。

  • 不断更新的生物信息学分析技术,可以更多挖掘 16S 数据中的群落功能信息,分析更为全面。

  • 16S 测序能在微生物多组学研究中起到基础的群落筛选作用,从而保证为贯穿研究提供准确的多样性信息补充。


  • 扩增子测序利用保守区设计通用引物进行 PCR 扩增,再对高变区进行测序分析和菌种鉴定。是研究环境样本中微生物群落结构组成、挖掘样品间差异的重要手段。


    可分四类:

  • 16S rDNA 测序(一般细菌:V3-V4 区)

  • 18S rDNA 测序(真核微生物)

  • ITS 测序(真菌)

  • 功能基因区域测序(固氮菌、反硝化菌等特定长度的 PCR 产物测序)



  • 如何进行微生物群落多样性研究的实验设计?


    晶能生物用户实例:通过 16s rDNA 进行 V3 - V4 区 Miseq 测序,重点关注潜流人工湿地的微生物群落结构,以及在贝博网站多少环境下,耐寒植物对该类型湿地脱氮效率及相关微生物群落的影响。下面通过此研究实例来总结微生物群落多样性的实验设计。


    研究思路/实验设计总结




    晶能生物最新推出微生物多样性测序团购促销活动,活动详情如下:


    促销活动

    活动详情:

  • 样本量≥100 个:7 折

  • 样本量≥200 个:6 折

  • 样本量≥300 个:5 折


  • 活动时间:即日起至 2017.9.1


    测序平台:Illumina Miseq


    标准分析内容:

  • OTU 聚类和物种注释-α多样性分析、β多样性分析

  • 物种分类-物种组成分析、差异分析、分组评估


  • 样本要求(DNA 样本):

  • 样品浓度:≥50 ng/ul

  • 总量:1 µg/sample

  • 纯度:OD 260/280 在 1.8~2.0 

  • 样品质量:基因组完整、无降解、无污染

  • 样品包装:用封口膜密封样品,DNA 贝博网站多少贝博app体育(-20℃)



  • 文章来源:晶能生物

    图片来源:晶能生物

    图片来源:视觉中国


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