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有人@你|高通量测序DNA样品制备宝典来啦!

GENEWIZ金唯智2020-05-19 06:41:23

高通量测序样品准备工作非常重要,若样品遭到破坏,就很难得到完美的测序结果。

针对大家都关心的一些问题,如取样、制备及送样要求等,小编进行了汇总整理,快来看一下吧!

1样品制备

动物组织

对于哺乳动物样品,优先选取肌肉或者娇嫩的内脏器官如脾脏、肝脏和大脑,活体解剖取样后,剔除结缔组织和脂肪组织等非研究所需的组织,并将组织分割成50mg左右的小块(组织块越小,保存效果越好),分装到冻存管中。

如果组织块表面血液过多,可使用0.9%的生理盐水或PBS缓冲液迅速冲洗,去除血渍和污物。将分装好的样品迅速投入液氮中速冻,置于-80℃冰箱中保存,干冰贝博app体育。如果需要胰腺、胃等含有消化液的组织,需尽可能更快的处理好组织,原因在于这类组织由于消化液的存在,降解异常迅速。

昆虫样品可能会有污染,建议进行饥饿处理或者喂食抗生素。

若在野外取样,需将样品置于盛有约100mL 95%乙醇溶液或含50mmol/L EDTA的70%乙醇溶液的小口塑料瓶中固定保存,24小时换固定剂一次。

不同物种不同组织器官DNA得率会存在一定差别,代谢旺盛的肝脏组织DNA含量较高,脂肪组织不易提取,得率较低。

植物组织


提取植物组织DNA,尽量选用新鲜样品,其次才是冻存的样品,反复冻融的样品DNA很容易受到破坏,不建议使用。样品采集时需选取幼嫩的组织部位,相对于其他组织,叶片DNA更易提取,建议优先选取叶片组织。

取样时事先准备好锡箔或铝箔纸,并用油性记号笔标记好样本信息。由于植物表面可能会有细菌或者真菌污染,在采集时可用清水冲洗干净,并用吸水纸吸干样品表面液体。

取得所需样品后,立即用准备好的锡箔纸包裹组织,并迅速投入液氮中速冻,-80°C保存,使用干冰贝博app体育。

血液样品

对于哺乳动物及人的血液样品,一般选取全血,加入抗凝剂,轻柔颠倒混匀后保存,推荐使用ACD抗凝剂或EDTA抗凝管抽取新鲜血液,由于肝素抗凝会影响实验结果,不建议使用。一般来说,1mL血液可提取3~5μg的DNA。

若血液样品不能立即寄送,要置于-80℃储存,使用干冰贝博app体育(在一周内寄送,可于-20℃贝博app体育)。若储存时间过长或有溶血、凝血的血液样品不能使用,建议重新制备样品。

2送样标准

对于送样量,要满足以下要求。

对于核酸样品,还需要注意以下几个方面:

二代测序(常规小片段文库)

核酸质量≥300ng, OD260/280比值在1.8-2.2之间, 浓度≥10ng/μL, 体积≥10μL。琼脂糖凝胶电泳DNA 条带清晰无降解,无RNA 和蛋白污染。

三代测序(20K文库)

核酸质量≥20μg;浓度≥100ng/μL ,OD260/280比值1.8-2.0,OD260/230比值2.0-2.2。 Nanodrop浓度与 Qubit浓度比值≤2;样品澄清无色,无不溶解物;脉冲电泳DNA条带清晰无降解,无RNA和蛋白污染。

3样品包装贝博app体育注意事项

1.不要用纱布(样本易粘附在纱布上)、纸张(贝博网站多少冻存易碎)直接包裹样本,而是用铝箔或进口冻存管包装。

2. 在包裹样本的铝箔或进口冻存管表面,用油性记号笔标明样本编号等信息,并且不要与乙醇等有机溶剂接触。

3.不要用玻璃容器或密封性不好的容器在液氮中保存样本(玻璃器皿或密封性不好的容器从液氮中取出后会发生爆炸);样本包装中不要使用透明胶带(胶带在贝博网站多少条件下粘性减弱,易掉落)。

4.不要把标签纸或其他纸制的说明性文件放入样本袋内,因为纸张在液氮中易碎。

5.不要在一只样本袋中放过多的样本,以防无法放入液氮罐或无法从液氮罐中取出。

6.客户在填写《样本信息单》时应当详细描述样本的类型、处理方法、储存条件、储存时间以及需要进行的检测类型等相关细节,以便技术人员确定合理的样本抽提或处理方案。

7.干冰使用量:24小时到达的,干冰数量不得低于5公斤;大于24小时到达的,建议保证每天3公斤的干冰数量。夏季可以适当再多增加部分干冰(平时的 1.5 倍)。

关于高通量测序DNA样品制备,就说到这里啦~

如果您还有其他疑问,可以发送邮件至NGS.Service@genewiz.com.cn,或拨打电话400-8100-669 选项3进行咨询,2018我们继续同行。

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